In 2005 reed hij zijn eerste Le Dakar, eindigde hij als 16e en was tweede amateur in de eindstand. In 2006 verliep zijn Le Dakar totaal anders dan verwacht. Door veel mechanische pech eindigde hij deze editie als 26ste, maar dat Frans als rijder potentie had, was ook bij de diverse teams opgevallen. In 2007 reed hij als waterdrager voor voormalig winnaar Cyril Despres. Verhoeven reed een uitstekende rally en finishte meerdere dagen in de top 10. In het Algemeen klassement stond hij zelfs even in de top 10, totdat hij door domme mechanische pech veel plekken verloor. In de twaalfde etappe was hij op weg naar misschien wel de dagzege, tot hij viel en zijn beide schouders uit de kom schoten. Door deze zware blessure was verder rijden onmogelijk geworden.

In 2009 won Verhoeven de 2e en 8ste etappe en eindigde hij overall als 8ste. Gedreven begon Frans aan Le Dakar 2010, echter werd zijn overwinning van de 11e etappe hem ontnomen, doordat andere rijders een compensatie kregen na een verkeerde routeaanwijzing van de organisatie. Een etappe later ging zijn motor stuk en moest Verhoeven opgeven.

In de 2011 Le Dakar wist Frans wederom een etappe te winnen maar door domme pech had hij al 4,5 uur achterstand op de koploper. Gedreven als hij is, vocht hij zich uiteindelijk naar een 16e plek in de einduitslag.

Le Dakar 2012, de top 5 was het ultieme doel van Frans Verhoeven. In het begin van de rally ging Frans het gevecht aan met toppers als Despres, Coma en Rodrigues, maar door technische problemen verloor hij echter veel kostbare tijd en eindigde hij tijdens Le Dakar 2012 op een 15e plaats algemeen.

Ook voor Le Dakar 2013 was de doelstelling een topklassering. Terugkijkend naar deze editie waren voor Frans Verhoeven de mooiste momenten de duinen tijdens de eerste etappes en natuurlijk de overwinningen van de etappe van Fiambala naar Copiapo . Tijdens deze loodzware etappe bewees Verhoeven opnieuw dat hij behoort tot één van de beste Rally Raid motorrijders ter wereld. Helaas is het hem niet gelukt om de titel ‘Beste Yamaha-rijder van Dakar 2013’ te pakken, die ging naar de Fransman Olivier Pain. Frans Verhoeven eindigde als 9e in het algemeen klassement.